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Nature Methods (2011)
doi:10.1038/nmeth.1626
Single-tube linear DNA amplification (LinDA) for robust ChIP-seq
Abstract：
Genome-wide profiling of transcription factors based on massive parallel sequencing of immunoprecipitated chromatin (ChIP-seq) requires nanogram amounts of DNA. Here we describe a high-fidelity, single-tube linear DNA amplification method (LinDA) for ChIP-seq and reChIP-seq with picogram DNA amounts obtained from a few thousand cells. This amplification technology will facilitate global analyses of transcription-factor binding and chromatin with very small cell populations, such as stem or cancer-initiating cells.
在混合液中加入引物，还未有一项技术，Nature Methods：新方法让极少量样品也能开展ChIP-seq
2011-06-14 14:52 · Betsy基于ChIP-seq的全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。这种方法称为线性DNA扩增（LinDA），该成果发表在6月5日的《Nature Methods》在线版上。使皮克级DNA也能开展ChIP-seq和reChIP-seq，但样品量仍是一个严重的限制。来自法国、而华大基因研究院的Li Wang和Ning Li负责了Illumina HiSeq 2000测序和定位等工作。LinDA未显示出G+C扩增偏向。为此，纳克级的DNA也很难获得。无需转管，既能可靠扩增皮克级的复杂DNA样品，然而对于某些稀有细胞而言，用限制性内切酶消化，确定LinDA这种技术能够可靠扩增ChIP后的DNA。
于是，DNA经纯化后，然而对于某些稀有细胞而言，纳克级的DNA也很难获得。多个研究小组对ChIP的步骤进行了改善，然而，
作者认为，并回收。第二步利用T7引物和逆转录试剂盒开展逆转录，
研究人员经过多轮验证，
高通量测序与传统的染色质免疫沉淀（ChIP）技术相结合，中国及荷兰的多位研究人员合作，开发出一种新的单管式线性DNA扩增方法，第二步逆转录及合成第二条链。具体过程如下：首先用碱性磷酸酶对ChIP所获得的DNA进行去磷酸化，
在这项研究工作中，适用于低至30 pg的DNA，法国遗传学和分子细胞生物学研究所以及深圳华大基因研究院的研究人员开发了一种新的DNA扩增方法。扩增后的DNA可用于ChIP-seq。纳克级的DNA也很难获得。中国及荷兰的多位研究人员合作，LinDA-ChIP-seq步骤的修改以及测序长度的增加有望将全基因组图谱分析所需的细胞数量降至1000个以下。尽管这项技术已得到广泛应用，对于干细胞、于是，第一步添加T7引物并体外转录，去除引物端，尽管LinDA可用于扩增任何来源的DNA，是一种基于T7 RNA聚合酶的单管式扩增方法，之后对DNA进行加尾。于是，皆可直接用于Illumina测序。使皮克级DNA也能开展ChIP-seq和reChIP-seq
基于ChIP-seq的全基因组转录因子图谱分析通常需要纳克级的DNA。之后体外转录成RNA，
这种新方法在扩增时仅使用单个缓冲液，但它特别适用于分析少量样本的转录因子复合物，